1960年農(nóng)業(yè)機械工業(yè)部決定組建畜牧機械、水稻機械、山地機械等六個科研院所。當(dāng)年9月3日農(nóng)機部“農(nóng)機干徐字第77號”文件要求在內(nèi)蒙古自治區(qū)建立畜牧機械科研機構(gòu),建議將正在籌建中的內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)機械研究所改建為畜牧機械研究所,由農(nóng)機部和內(nèi)蒙古自治區(qū)雙重領(lǐng)導(dǎo),以地方為主。經(jīng)請示內(nèi)蒙古自治區(qū)人民委員會副主席高增培,自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)機械廳和經(jīng)委于9月10日電復(fù)農(nóng)機部表示同意,內(nèi)蒙古畜牧機械研究所(以下簡稱牧機所)正式成立。成立之初,牧機所先后隸屬內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)機械廳和重工業(yè)廳,所址在呼和浩特市新城東街6號。
1962年9月,第八機械工業(yè)部以(62)技研字第54號、內(nèi)蒙古自治區(qū)計委以(62)計基阿字第941號文件批復(fù),同意牧機所建設(shè)投資200萬元,編制200人。
1964年11月牧機所第一期建設(shè)任務(wù)竣工,完成固定資產(chǎn)200萬元,實有職工126人,其中工程技術(shù)人員96人,并由原址遷入現(xiàn)址。搬遷時冶金研究室由牧機所分出,成立內(nèi)蒙古自治區(qū)冶金研究所。
1965年11月,內(nèi)蒙古自治區(qū)人民委員會決定將內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)機械化研究所(同時掛內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)機械試驗鑒定站牌子)并入內(nèi)蒙古畜牧機械研究所,更名為內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)機械化研究所,隸屬關(guān)系由自治區(qū)重工業(yè)廳調(diào)整為自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)機械管理局。當(dāng)時全所職工l78人,其中工程技術(shù)人員115人?! ?/p>
1968年3月成立牧機所革命委員會,隸屬于自治區(qū)革命委員會生產(chǎn)建設(shè)指揮部領(lǐng)導(dǎo)。
1971年,內(nèi)蒙古自治區(qū)重新組建廳局,牧機所劃歸自治區(qū)機械工業(yè)廳領(lǐng)導(dǎo),全所職工l55人,其中工程技術(shù)人員72人。
1974年第一機械工業(yè)部農(nóng)機局在天津市召開“農(nóng)機科研座談會”,重新確定牧機所為全國畜牧機械科研的“牽頭抓總”單位。
1978年6月2日,內(nèi)蒙古自治區(qū)編制委員會批復(fù)([78]內(nèi)編發(fā)11號),所名恢復(fù)為內(nèi)蒙古畜牧機械研究所,實有職工286人,其中工程技術(shù)人員l21人,由第一機械工業(yè)部和內(nèi)蒙古自治區(qū)機械工業(yè)局雙重領(lǐng)導(dǎo)。
1979年3月國務(wù)院批準(zhǔn)國家科委、農(nóng)業(yè)機械部《關(guān)于調(diào)整內(nèi)蒙古自治區(qū)畜牧機械研究所的管理體制的報告》([79]國科發(fā)技字第l92號、農(nóng)機生聯(lián)字第33號),將牧機所隸屬關(guān)系調(diào)整為農(nóng)業(yè)機械部與內(nèi)蒙古自治區(qū)雙重領(lǐng)導(dǎo),以農(nóng)業(yè)機械部為 主。當(dāng)年全所職工273人,其中工程技術(shù)人員l04人。同時,為保證自治區(qū)農(nóng)機科研工作,從牧機所分出部分人員恢復(fù)了內(nèi)蒙古農(nóng)牧業(yè)機械化研究所。1980年6月,經(jīng)自治區(qū)政府同意,在牧機所民用機械研究室的基礎(chǔ)上擴建為內(nèi)蒙古機電研究所,從牧機所分出。
1981年9月,農(nóng)業(yè)機械部批復(fù)了《畜牧機械研究所l981-1985年發(fā)展規(guī)劃》,隨后機械工業(yè)部對《畜牧機械研究所六五擴建初步設(shè)計任務(wù)書》進行了批復(fù)([82]機農(nóng)字第908號),牧機所開始進行第二期基本建設(shè),總投資700萬元。
機械工業(yè)部于l982年11月27日以(82)機辦字第l053號文通知牧機所定名為“機械工業(yè)部呼和浩特畜牧機械研究所”,隸屬于機械工業(yè)部。年底實有職工312人,其中科技人員l29人。
1984年7月,國家科委(84)國科發(fā)管字489號文件批復(fù),同意將內(nèi)蒙古呼倫貝爾盟畜牧機械試驗站(原名呼盟農(nóng)牧機械研究所)劃歸牧機所領(lǐng)導(dǎo),更名為機械工業(yè)部呼和浩特畜牧機械研究所海拉爾試驗站。年底全所職工468人(海拉爾試驗站79人),其中工程技術(shù)人員260人(海拉爾試驗站52人)。同年9月,中共機械工業(yè)部黨組(84)機黨函字214號文件批準(zhǔn)牧機所為地專級單位。
1998年12月7日,根據(jù)國家機械工業(yè)局《關(guān)于同意中國農(nóng)業(yè)機械化科學(xué)研究院與呼和浩特畜牧機械研究所合并的通知》(國機改[1998]568號),牧機所并入中國農(nóng)業(yè)機械化科學(xué)研究院?!?/p>
2000年1 月7日,國家經(jīng)濟貿(mào)易委員會和國家科學(xué)技術(shù)部《關(guān)于印發(fā)調(diào)整國家經(jīng)貿(mào)委管理的10個國家局所屬部分科研機構(gòu)轉(zhuǎn)制方案的通知》(國經(jīng)貿(mào)技術(shù)[2000]16號)明確牧機所進入中國農(nóng)業(yè)機械化科學(xué)研究院,一同轉(zhuǎn)制為中央直屬科技型企業(yè)。同年7月,牧機所正式在內(nèi)蒙古自治區(qū)工商行政管理局登記注冊,定名為中國農(nóng)業(yè)機械化科學(xué)研究院呼和浩特分院。
2001年12月10日,內(nèi)蒙古自治區(qū)科技廳以內(nèi)科發(fā)計字[2001]38號文件批復(fù),同意依托我院組建“內(nèi)蒙古自治區(qū)畜牧業(yè)裝備工程技術(shù)研究中心”。
2004年1月6日,內(nèi)蒙古自治區(qū)科技廳以內(nèi)科發(fā)計字[2004]2號文件批復(fù),同意依托我院組建“內(nèi)蒙古自治區(qū)新能源工程技術(shù)研究中心”。
2005年12月19日,國家科學(xué)技術(shù)部以國科發(fā)計字[2005]503號文件批復(fù),同意依托我院組建“國家草原畜牧業(yè)裝備工程技術(shù)研究中心”。
2009年,國家發(fā)展與改革委員會批準(zhǔn),依托我院組建“國家地方聯(lián)合太陽能干燥技術(shù)工程實驗室”。
2017年,我院完成公司制改革,正式更名為“中國農(nóng)業(yè)機械化科學(xué)研究院呼和浩特分院有限公司”。